AMSI berdiri pada 18 April 2017 yang ditandai dengan deklarasi para pemimpin redaksi media online di Dewan Pers, Jakarta. Deklarasi itu diikuti dengan penyelenggaraan Kongres pertama pada 22 Agustus 2017. Kongres saat itu mengesahkan Anggaran Dasar, Anggaran Rumah Tangga dan menetapkan Ketua Umum serta Ketua Badan Pengawas dan Penasehat Organisasi. 

Pada 5 Mei 2018, AMSI bekerja sama dengan Aliansi Jurnalis Independen (AJI), Masyarakat Anti Fitnah Indonesia (Mafindo), Internews dan Google News Initiative menyelenggarakan Trusted Media Summit di Hotel Gran Melia, Jakarta. Konferensi itu melahirkan kolaborasi CekFakta.com yang merupakan program kerjasama pemeriksaan fakta terbesar di Indonesia untuk menangkal hoaks dan misinformasi. 

Setiap tahun, AMSI menyelenggarakan Konferensi Media Digital untuk membahas perkembangan terkini teknologi media digital. Pertemuan akbar pertama diadakan pada 1 Maret 2019 di Perpustakaan Nasional Jakarta, disusul konferensi kedua pada 27 November 2019 di Jakarta Teater. Setiap konferensi itu diikuti ratusan media digital, perusahaan teknologi, pejabat pemerintah dan berbagai pemangku kepentingan lain. 

Sampai saat ini, AMSI telah berdiri di 19 provinsi dengan jumlah anggota mencapai 317 media siber. Sebagian besar anggota AMSI adalah media-media lokal yang didirikan oleh jurnalis-jurnalis kawakan dengan idealisme dan kompetensi yang mumpuni. Hampir semua media online arus utama yang berbasis di Jakarta juga merupakan anggota dan pendiri AMSI. 

"Sejak awal, keberadaan AMSI ditujukan untuk menjaga mutu jurnalisme di era digital serta memastikan kesinambungan model bisnis media siber lokal di berbagai daerah," kata Wenseslaus Manggut.

"Dengan menjadi konstituen Dewan Pers, AMSI bisa ikut menegakkan kode etik jurnalistik di berbagai media digital," kata Ketua Badan Pengawas dan Penasehat AMSI Sapto Anggoro.  

Pada 2020 ini, AMSI akan meluncurkan program penguatan kapasitas media digital lokal, terutama dari sisi produksi konten multimedia dan perbaikan relasi dengan komunitas (engagement). Selain itu, AMSI juga akan memperluas program CekFakta.com bekerjasama dengan AJI dan Mafindo, sebagai persiapan pemantauan Pilkada serentak pada Desember 2020 mendatang.

Selain itu, sebagai antisipasi berkurangnya pendapatan media akibat pandemi Covid-19, AMSI mendorong media-media siber anggotanya mendapatkan hibah dari berbagai lembaga donor dan perusahaan teknologi global. Sampai saat ini, puluhan media online anggota AMSI di berbagai daerah telah diumumkan sebagai penerima hibah dari Internews dan Google News Initiative.